يهدف القسم إلى توفير خدمة طبية متميزة طبقاً للمعايير والتوصيات العالمية والتطوير المستمر من خلال إستحداث التقنيات والتداخلات الحديثة والتدريب الطبى المستمر لرفع كفاءة الخدمة المقدمة وفقاً لخطط مستقبلية طويلة ومتوسطة وقصيرة الأمد، وذلك من خلال عدة محاور:
تقديم خدمة طبية متميزة لمرضى أمراض الجهاز الهضمى والكبد والحميات والأمراض المعدية فى نطاق محافظة أسوان والمحافظات المجاورة، علماً بأنه القسم الوحيد الذى يقدم خدمات متميزة ومتفردة فى هذا الإقليم مثل (مناظير الجهاز الهضمى التشخيصية والعلاجية) بأعلى قدر من الكفاءة مع توفير الرعاية المتوسطة والمركزة لمرضى مستشفى أسوان الجامعى.
النشاط التعليمى من خلال تقديم المحتوى العلمى الخاص بالقسم بصورة مميزة لطلاب كلية الطب وطلبة الدراسات العليا هادفين إلى تأسيس قاعدة علمية وطبية سليمة على أكبر نطاق ممكن ليكونوا نواة لتقديم الخدمة الطبية المتميزة.
النشاط البحثى وما يتعلق بالنشر العلمى لمختلف الأبحاث الطبية المتنوعة.
النشاط التوعوى المجتعى متمثلاً فى التوعية المجتمعية بمختلف الأمراض مثل الفيروسات الكبدية وغيرها.