تشتمل مستشفى أسوان الجامعى على وحدات تخصصية بعدة أقسام وهم كالآتى:
- وحدة رسم المخ والأعصاب.
- وحدة رسم العضلات.
- وحدة تحليل الأنسجة.
- وحدة بنك الدم.
- وحدة فصل البلازما.
- وحدة الغسيل الكلوى (2).
- وحدة مناظير الجهاز الهضمى.
- وحدة إضطرابات النوم والشخير.
- وحدة الأشعة المقطعية.
- وحدة الرنين المغناطيسى.
- وحدة الأشعة التيفزيونية.
- وحدة الدوبلر الملون.
- وحدة ديناميكية التبول.
- وحدة تفتيت الحصوات بالموجات التصادمية.
- وحدة القسطرة القلبية.
- وحدة الإيكو.
- وحدة رسم القلب بالمجهود.
- وحدة التخاطب.
- وحدة الليزر.
- وحدة العلاج الضوئى.
- وحدة الكى والتبريد.
- وحدة طب الذكورة والعقم.