تشتمل مستشفى أسوان الجامعى على وحدات تخصصية بعدة أقسام وهم كالآتى:
| م | إســم الوحــدة | القسم التابع لها |
| 1 | وحدة الغسيل الكلوى (2) | قسم الأمراض الباطنة |
| 2 | وحدة مناظير الجهاز الهضمى | |
| 3 | وحدة ديناميكية التبول | قسم جراحة المسالك البولية |
| 4 | وحدة تفتيت الحصوات بالموجات التصادمية | |
| 5 | وحدة الليزر | قسم الأمراض الجلدية والتناسلية وطب الذكورة |
| 6 | وحدة العلاج الضوئى | |
| 7 | وحدة الكى والتبريد | |
| 8 | وحدة طب الذكورة والعقم | |
| 9 | وحدة القسطرة القلبية | قسم أمراض الباطنة والقلب |
| 10 | وحدة الإيكو | |
| 11 | وحدة رسم القلب بالمجهود | |
| 12 | وحدة الأشعة المقطعية | قسم الأشعة |
| 13 | وحدة الرنين المغناطيسى | |
| 14 | وحدة الأشعة التليفزيونية | |
| 15 | وحدة الدوبلر الملون | |
| 16 | وحدة رسم المخ والأعصاب | قسم المخ والأعصاب |
| 17 | وحدة رسم العضلات | |
| 18 | وحدة إضطرابات النوم والشخير | قسم الأمراض الصدرية |
| 19 | وحدة تحاليل الأنسجة | قسم التحاليل الطبية |
| 20 | وحدة بنك الدم | |
| 21 | وحدة فصل البلازما | |
| 22 | وحدة التخاطب | قسم الأذن والأنف والحنجرة |