أُنشئ قسم الفارماكولوجيا الطبية (علم الأدوية) كأحد أقسام الكلية بالقرار الجمهورى رقم (200) لسنة 2013، ويقع بمقر الكلية بمدينة أسوان الجديدة، حيث إبتدأت الدراسة به لطلاب الفرقة الأولى طب بشرى عام 2014/2013.
هذا ويقوم بالإشراف على القسم بطب أسوان السيد أ.د./ محمود حمدي عبد الرحيم – أستاذ متفرغ بقسم الفارماكولوجيا الطبية بطب أسيوط، ومعاوناً له في القسم أ.د./ محمد سالم – أستاذ مساعد بقسم الفارماكولوجيا الطبية بطب أسيوط، كما يضم القسم نخبة من الهيئة المعاونة.
تحقيق التميز و الريادة فى مجال علم الأدوية على المستويين المحلى و الأقليمى، وكذلك إجراء البحوث المتميزة والمشاركة فى خدمة المجتمع.
تخريج كوادر وطنية من الأطباء المتمسكين بالأخلاق والقيم والقادرين على المشاركة بفعالية فى فريق الرعاية الطبية وتقديم الخدمات الطبية المؤثرة إيجابًا فى صحة المجتمع.