يقع قسم الباطنة بالدور الرابع بالمستشفى الجامعى، بحيث يضم القسم (قسم للرجال وآخر للسيدات) يضم كلاً منهما عدد (4) غرف تحتوى على عدد (12) سرير.
ويتوفر بالقسم جهاز الموجات الفوق صوتية (Ultrasonography)، وكذلك جهاز رسم القلب (Electrocardiography).
ويضم القسم العديد من الوحدات والتى تهدف إلى تقديم أفضل رعاية ممكن للمرضى وهم:
وحدة الكلى الصناعية، وحدة الغدد الصماء والقدم السكرى، وحدة الجهاز الهضمى والكبد، وحدة مناظير الجهاز الهضمى، وحدة العناية المركزة، العيادات الخارجية.
ويقوم القسم بتدريب الأطباء والطبيبات من خلال إجراء العديد من الدورات التدريبية وورش العمل وكذلك إنعقاد مؤتمرات علمية سنوية للنهوض بهم ولمواكبة كل ما هو جديد فى الطب.
ويهتم القسم أيضاً بالجانب البحثى حيث تم منح درجات علمية فى درجتى الماجستير والدكتوراه كالتالى:
- عدد (15) درجة علمية فى درجة الماجستير.
- عدد (14) درجة علمية فى درجة الدكتوراه.
مقيد لدرجتى الماجستير والدكتوراه:
- درجة الماجستير: عدد (22) طبيب وطبيبة.
- درجة الدكتوراة: عدد (24) طبيب وطبيبة.